Le syndicat Adour Midouze participe activement à la préservation de la biodiversité en s'impliquant dans l'animation de sites Natura 2000 situés sur son territoire. Ces sites sont reconnus d'importance européenne pour la richesse de leurs habitats naturels et la présence d'espèces protégées.

Site réseau hydrographique des affluents de la Midouze (FR7200722)

Ce site est reconnu d’importance à l’échelle Européenne grâce à la diversité des faciès de son réseau hydrographique et ses nombreux habitats naturels et espèces d’intérêt communautaires comme par exemple plusieurs chiroptères, la Loutre, la Cistude d’Europe, la Lamproie de planer, certaines libe...

Site l'Adour (FR7200724)

Ce site est reconnu d’importance à l’échelle Européenne notamment pour la présence de poissons migrateurs et de l’Angélique des estuaires.